V Crysis 3 se vrátíte do New Yorku v roli „Proroka“, abyste zjistili, že bylo celé město zapouzdřeno do nanokopule vytvořené zločineckou organizací Cell Corporation. „Kopule svobody“ v New York City je ve skutečnosti deštným pralesem v ulicích někdejšího velkoměsta, nyní oplývajících převislými stromy, neproniknutelnými mokřinami a divokými řekami. Uvnitř „Kopule svobody“ se nachází sedm charakteristických prostředí plných nástrah známých jako „Sedm divů“.

Tento nový nebezpečný svět si žádá nové vyspělé zbraně a taktiku boje. Prorok bude nyní používat smrtící kompozitní luk, vylepšený nanooblek i ničivé mimozemské technologie a stane se tak nejobávanějším lovcem planety.

V roce 2047 se Prorok vydává na odvetnou misi s cílem zjistit pravé motivy Cell Corporation k vybudování karanténních nanokopulí. Občanům bylo sděleno, že tyto gigantické struktury nad celými městskými oblastmi byly vztyčeny na jejich ochranu a k vyčištění metropolí od zbytků sil Cephů.

Ve skutečnosti jsou nanokopule součástí tajného plánu Cell Corporation, jak získat teritorium a technologie k ovládnutí světa. S mimozemskými Cephy číhajícími za každým rohem a neustále útočícími nepřáteli z řad lidí není nikde bezpečno. Pro Proroka je však na jeho cestě za odplatou cílem každý z nich.